3th May, Tue : PCR

→BentoLab protocol: Introduction to PCR
→BHA protcol Notion from Georg-san
※Before the experiment, you shold read the protocol and keep the track of th e flow.
実験前に流れを把握しておくこと。

< What we need >
(1) DNA templete
We’ve extracted each DNA from cheek cells and storaged them in the -20℃ freezer.
(2) primer
This time we used “lactose intolerance” primer.
乳糖不耐性(乳糖を消化できないので、下痢など症状が発生する。)が分かるプライマーを使う。
※ミルクに含まれる糖質である乳糖をグルコースとガラクトースに分解する乳糖分解酵素（ラクターゼ: lactase）を作り出す遺伝子をLCTgeneという。このLCT geneの発現をコントロールするのがMCM6 gene。MCM6 geneがTtypeかCtypeかどうか、調べてみよう！
→lactose intolerance primer protocol
(3) polymerase
Option1. Master Mix from BentoLab
This time we used “5x FIREPol® Master Mix Ready To Load”. This contains thermostable Taq DNA polymerase FIREPol®, dNTPs, 7.5 mM MgCl2, and loading dye, in a buffer.
Taqポリメラーゼ、dNTPs、識別用の色素が含まれている。

Option2. Taq polymerase from BioAcademia
This time we also tries to Taq polymerase with dye from BioAcademia.
マスターミックスの代わりに、BioAcademiaのTaqポリメラーゼも使ってみる。

(4) distilled water : 1000μリットル

< How to do PCR >
1. Prepare the contents of the PCR tube PCRチューブの中身を用意する
Primer, MasterMix and DNA should be cooled in ice water.
プライマー、マスターミックス、使用するDNAは氷水で冷やしながらPCR作業を進める。

This time I used Taq polymerase from BioAcademia.
私は今回バイオアカデミアのTaqポリメラーゼを使用した。

Add 25μl Taq polymesase, 2μl primer (it’s transparent), 4μl DNA template and 19μl DW to PCR tube. It’s gonna be 50μl as a total.
※The quantities are much smaller than you’d think!
ポリメラーゼ25μl、プライマー2μl、DNA4μl、純水19μlをPCRチューブにピペットで入れる。トータル50μlの溶液になる。※思ってるより量はめっちゃ少ない！

2. It’s time to PCR! いざPCR!
Place your PCR tube in the thermocycler block.
PCRチューブを設置。

Set up the thermocycler with the following PCR program:
下記の写真のようにPCRの温度プログラムを設定して、スタート。

The wait time is quite long.
待ち時間は結構長いね。

After 97min, It’s done! This time keep these tubes in the freezer again. ※While this process, PCR is performed 30-35 cycles. So there gonna be … about 34,359,740,000 copies.
97分後、完了！(この間、PCRは30~35サイクル繰り返されて、およそ3400億個のgeneコピーが作り出される事になる！)
今回は再度冷凍庫に保管しておこう。